После того как задемуксили аудио, надо сделать ремукс отдельно видео потока.
1. Выбираем файл с сорсом тыкаем add и выбираем файл

2. Убираем галочки отовсюду, кроме самого потока с видео

3. Выбираем в разделе Output, TS muxing если уже невыбрано, выбираем путь куда сохранить(желательно аудио дороги и файл с видео потоком, деаржить в одной папке, чтобы небыло путаницы, что и откуда) и жмакаем Start Muxing. Ждем окончания и вуаля подготовка закончена.